30 eri lohikannan ansiosta Tenojokea voidaan pitää maailman monimuotoisimpana lohijokena, jossa Atlantin lohi lisääntyy. Osa Tenojoen lohikannoista on ollut hyvässä kunnossa, mutta toiset lohikannat ovat menettäneet elinvoimaisuuttaan viimeisten vuosien aikana. Heikoimpien kantojen elinvoimaisuuden turvaamiseksi kalastusta on pyritty säätelemään niin, että heikompia kantoja tai häviämisriskissä olevia lohikantoja kalastetaan vähemmän tai ei ollenkaan.
Pientä elpymistä havaittavissa
Uusimpien arvioiden mukaan Tenojoen lohikannoissa on kuitenkin nähty hiljalleen pientä kasvua. Omat haasteensa vesistöjen monimuotoisuuden ylläpitämiseksi on tuonut kuitenkin se, että jokeen ei istuteta lohta, vaan kaikki kannat ovat täysin luonnonvaraisia. Vuoden 2021 syksyn aikana on kuitenkin huomattu, että kutukantojen koko on monilla alueilla jopa kaksinkertaistunut ja tämä on suora seuraus kalastuskiellosta, joka otettiin käyttöön sekä Tenojoen vesistössä että Tenovuonossa kalastuskaudella 2021.
Monilla alueilla lohien kutukannat ovat jopa kaksin- tai kolminkertaistuneet vuoteen 2020 verrattuna. Pitemmällä aikavälillä tarkistettuna kannat ovat kuitenkin edelleen keskiarvojen alapuolella, joten kutukantojen elinvoimaisuuden turvaamista tullaan mitä todennäköisimmin jatkamaan. Nykyisten mittaustulosten perusteella on pystytty selvittämään, että merialueelta jokeen palaavia lohia on edelleen vähän, vaikka kalastuskielto onkin johtanut siihen, että entistä suurempi osa lohista on päässyt kutemaan.
Tenojoen lohikantojen tilaa on seurattu aktiivisesti 1970-luvulta lähtien. Tänä päivänä Tenojoen vesistön lohikantojen tutkimuksesta ja seuraamisesta vastaa suomalais-norjalainen tutkimustyöryhmä, sillä Tenojoen kalastusta säädellään Suomen ja Norjan säätämällä yhteisellä kalastussopimuksella. Tutkimusryhmän teettämiä tuloksia ja taulukoita hyödynnetään kutukantojen seurannassa ja arvioinnissa sekä lohikantojen elinvoimaisuuden takaamisen suunnittelussa.